Extraterrestres se refugiam numa favela na África do Sul, o Distrito 9. Mas ao expandirem o seu território, o governo começa a agir e contrata a MNU, uma empresa que tenta controlar os alienígenas e mantê-los em campos de concentração. Mas a MNU pretende receber imensos lucros para fabricar armas que tenham como matéria-prima as defesas naturais dos alienígenas, mas acaba falhando e descobrem que para que as armas sejam ativadas, é preciso o DNA dos extraterrestres. Para evitar que os humanos criem uma arma poderosa, Wikus van der Merwe cria um vírus misterioso, que modifica o DNA dos extraterrestres. Agora todos estão atrás de Wikus e sem amigos e família, ele se esconde no próprio Distrito 9.