A primeira parte da ordem cronológica de Matrix é uma animação que foi criada pelas diretoras dos três filmes com Keanu Reeves. O Animatrix é uma série de curta-metragens que contam com nove episódios e mostram a história antes do primeiro longa. Os curtas foram escritos pelas Irmãs Wachowski e mesclam computação gráfica com animes. Além de contar uma versão do que antecedeu os acontecimentos do primeiro filme, a série mostra a dizimação das últimas cidades da humanidade e a guerra contra as máquinas.